460 件の論文
RegEvol は、機械学習を用いた転写因子結合予測と明示的な進化モデルを統合することで、非コード領域における方向性選択を統計的に検出する新たな手法を開発し、ショウジョウバエやヒトのゲノム解析において生殖・免疫・神経系に関連する適応進化の痕跡を同定しました。
この論文は、ハチドリの尾羽を広げる動作（tail flaring）が飛行の空力機能だけでなく、オス同士の争いにおける攻撃的な意図を示すシグナルとして機能していることを、高速度カメラによる観察と運動学的分析を通じて実証したものである。
アミノ酸の多様性を制限した祖先酵素の再構築実験により、アミノ酸組成の制約が酵素の活性部位の再編成を引き起こし、本来の機能に代わって ADP を ATP と AMP に変換する新たなリン酸転移反応を可能にすることが示されました。
この論文は、発生生物学の進展に基づき、選択圧と発生制約の相互作用を統合した一般モデルを提案し、反復構造（連続相同器官）からどのように形態的・機能的な新規形質が進化するのかを、集団遺伝学的シミュレーションを通じて解明したものである。
この論文は、単一母系・父系遺伝子マーカーの再解析に基づき、人類が最終氷期最大期以前にアメリカ大陸に到達し、その後の拡大は北米ではなく南米を起点として起こったという、従来の定説とは異なる新モデルを提唱しています。
この論文は、単細胞酵母の多細胞化（スノーフレーク型）が、多細胞性そのものによる適応度向上ではなく、細胞周期の G1/S 転換に関わる遺伝的要因（Cln3 や Whi5 など）と相互作用する「ace2」変異体における休眠からの脱出速度の向上という、多細胞性とは無関係な形質の選択に伴う「乗客」としての現象によって維持される可能性を示唆しています。
この論文は、鳥類やチョウの視覚システムを考慮した深層学習を用いて分析した結果、ミューラー型擬態が離散的な環状集団ではなく、知覚的構造と空間的ダイナミクスによって形成される連続体であり、種間の収束が必ずしも対称的ではないことを明らかにしたものである。
この論文は、雌雄同体の淡水巻貝 Physa acuta において、細胞質雄性不稔性（CMS）がミトコンドリア複合体 I の機能変化と関連しており、雄性不稔個体では複合体 I の活性低下が、雄性可逆個体では核遺伝子による複合体 II の補償やプロトン漏れ増加といったエネルギー代謝の変化を伴うことを示唆している。
本論文は、欠損した分類群や遺伝子樹・種樹の不一致といった課題を克服し、固定された種樹の分岐を遺伝子ごとに評価可能な「SplitAligner」という枠組みを提案し、哺乳類の系統発生における分岐ごとの一致度や欠損の分析を通じて進化的な推定を可能にするものである。
不完全なゲノムデータから真の遺伝子欠損と検出漏れを区別し、ゲノム完全性と遺伝子存在確率を同時に推定する新しい「系統 occupancy モデル」を提案し、既存手法を大幅に上回る精度でコアゲノム推定や祖先状態再構成を可能にする Python パッケージを公開した。
線虫（C. elegans）を用いた研究により、寄生虫に対する防御能力は寄生虫の排除（抵抗性）ではなく、繁殖のタイミング（生活史）と強く関連しており、生活史形質が寄生虫選択への迅速な適応を促すことが示されました。
単一細胞トランスクリプトミクスを用いた研究により、ショウジョウバエの成体性回路における性バイアス発現が細胞特異的かつ種特異的であり、両性の発現変化が強く共変化する一方で、神経シグナル遺伝子などの共通遺伝子群の可塑性を通じて局所的な回路ノードでの性特異的適応が実現され、これにより回路の進化可能性が維持されていることが明らかになりました。
本研究は、2 億 4100 万年前に出現し、6600 万〜7000 万年前に複雑化が進んだ双翅類の幼虫呼吸器官（PROD）が、気候変動による生態的圧力に応じて、遺伝子制御ネットワーク（GRN）の段階的な共役（コオプション）を通じて進化したことを示す、生態・進化・発生生物学の統合的枠組みを提示しています。
この論文は、捕食者 - 被食者系における漁獲が、種内の直接的な選択圧と群集構造の変化による間接的な選択圧の相互作用を通じて生物の体サイズ進化を駆動し、生態系全体の構造や漁獲量に重大な影響を与えることを示しています。
この研究は、漁獲圧下における食物網の進化的回復力（エボリューショナリー・レスキュー）を調査し、進化が一般的に網の頑健性を高める一方で、捕食者への集中的な漁獲や高速な進化は崩壊リスクを高め、漁獲戦略の最適化が食物網の持続可能性と多様性保全に不可欠であることを示しています。
この論文は、海洋酸性化が石灰化能力の進化を促し、その結果として生態系のエネルギー移動や炭素循環に重大な影響を及ぼす可能性を、植物プランクトンと動物プランクトンの相互作用を含むモデルを用いて示したものである。
本研究は、シミュレーションと実データを用いて、ショウジョウバエの非コード領域における新規変異の適応度効果分布を解明し、これらの領域がコード領域に比べて中程度の有害変異や有益な置換を多く含み、ゲノム全体の背景選択の理解において不可欠であることを示しました。
本論文は、包括的なバイオインフォマティクス解析により、陸上植物においてGCR1 が唯一の真のG タンパク質共役受容体であることを示唆し、その根毛における潜在的な役割について議論しています。
本論文は、ショウジョウバエの神経・免疫系における遺伝子多能性が進化速度の低下をもたらすことを示しつつも、ヒトの神経疾患との関連性を予測する上で進化速度の方が多能性よりも強力な指標となり得ることを明らかにした。
本研究は、多モーダル MRI とトランスクリプトームデータを統合してヒトとマカクを比較し、前頭葉における構造 - 機能結合の種差が言語や高次認知に関連する分子メカニズム（シナプス機能やグリア細胞など）と進化的拡大に深く関連していることを明らかにしました。